A CONTAG possui nove Coletivos Nacionais que correspondem às áreas de ação do MSTTR – políticas sociais, reforma agrária, política agrícola, assalariados(as) rurais, comunicação, relações internacionais, gestão e finanças, organização e formação sindical, meio ambiente – e mais três Comissões Nacionais – mulheres trabalhadoras rurais, jovens trabalhadores(as) rurais e trabalhadores(as) rurais da terceira idade.

São compostos por diretores(as) da CONTAG e das FETAGs. Os objetivos das Comissões e Coletivos Nacionais são avaliar e propor novas ações e políticas para atender as demandas específicas das áreas. Normalmente as propostas são apresentadas e aprovadas na reunião do Conselho Deliberativo da CONTAG.